Ya se hicieron referencias a la diáspora de los cátaros cuando estos fueron eliminados físicamente del Languedoc , en el sur de Francia .
Recordemos en esencia, que los cataros en su huida se dirigieron principalmente, aunque en pequeña escala, hacia el centro de Europa, Italia, Lombardía o a los Balcanes como Albania y Bosnia, pero en España se concentró la mayor afluencia de cataros , sobre todo en el reino de Aragón y Cataluña, siendo de menor cuantía, por el resto de la Península, a saber, el Reino de Navarra o bien el Reino Castellano-Leonés.
La motivación esencial de los territorios donde los cátaros se fueron asentando, estriba primordialmente en el desastre de la Batalla de Muret por Pedro el Católico , lo que supuso perder la influencia de toda la región tolosana así como los sueños de la política catalana tras-pirenaica, tras lo cual los cátaros se vieron forzados a traspasar todos los pasos abruptos existentes a través de toda la cordillera de los Pirineos .
Los cátaros aun las adversidades, pudieron tener un tiempo de gloria, ya que el hijo de Pedro II de Aragón , Jaime I el Conquistador , abandonando definitivamente las apetencias expansionistas de su padre, su dedicación conquistadora la dirigió más al sur, Valencia y Mallorca principalmente, teniendo necesidad en repoblar las tierras arrebatadas a los árabes, sin tener en cuenta ninguna ideología religiosa, lo cual en cierta manera favoreció con ello la implantación catara . Otro motivo fue sin duda el Camino de Santiago agilizando el establecimiento cátaro gracias a sus dotes tanto artesanales como financieras, que aprovecharon en sus constantes labores proselitistas, también aprendieron la lección del Languedoc referente a sus actuaciones, siguiendo una política mucho más discreta con el fin de pasar desapercibidos entre la población autóctona, sin exponerse tanto en la forma de vida o costumbres que les eran propias, sin renunciar por ello a las esencias cátaras .
Aun así los ojos de la Inquisición se prodigaban por todas partes, con el ánimo de seguir depredando a los «herejes cataros » dándose el penoso caso del Obispo de Urgell en colaboración con el inquisidor Pierre de Ténès, dando buena cuenta de muchos cataros huidos, puesto que incluso tras cuarenta y dos años de la muerte del vizconde Arnau de Castellbó, la Inquisición hizo desenterrar su cadáver y el de Ermesenda de Castellbó para profanarlos y arrojados a la hoguera, por haber sido antaño protectores de los cátaros , la misma suerte corrió el conde Ramón de Josa, al que exhumaron del convento de Santa Caterina de Barcelona.
Las principales formas en el camuflaje de los cátaros , en el traspaso de los Pirineos fueron peculiares al aprovechar el tránsito de carruajes, junto con la trashumancia de caballos y ganado en general que eran transportados por medio de los pastores galos, sin que en un principio los cátaros fuesen reconocidos, con el mismo propósito se confundían con los buhoneros por donde a través de los cuales se les permitía transportar toda clase de objetos comunes, vajillas menajes de cocina. Fue de una gran importancia la profesión de tejedores propiciando que en Cataluña se activara de forma importante la industria textil lanera precisamente por la introducción de esta característica actividad cátara .
Los principales lugares de asentamientos cataros , fueron el Valle de Arán, Andorra, Castellbó, Puigcerdà Bagá, Berga, Tirvia, La Seu d’Urgell, Lleida, Cervera, Montblanc, Gandesa, entre otras muchas poblaciones de este recorrido hacia el sur, llegando a la Corona de Aragón, Gandesa, Flix, Calanda, Ulldecona, Peñíscola, Morella en donde ya se explicó que residió en esta población el que se considera como el último Bon Home , Belibaster que fue descubierto por la Inquisición que a raíz de una traición por uno de los suyos, fue apresado, llevado al Languedoc y quemado en la hoguera del patio del castillo de Villerouge-Termenès en 1321.
Otra gran corriente en la huida de los cátaros , fue a través del puerto de Sonport en los Pirineos hacia Jaca, uniéndose al Camino de Santiago en Puente de la Reina. él siguiente paso importante pirenaico fue Roncesvalles, tránsito hacia Pamplona, también en el Puente de la Reina dirección a Navarra, Estella, Logroño, Santo Domingo de la Calzada, Burgos, Carrión de los Condes, Sahagún, León Astorga, Ponferrada, y así culminar la peregrinación en Santiago de Compostela.
Mallorca igualmente resultó propicio a los cátaros , en donde Jaime I tras la conquista a los árabes, tuvo necesidad de repoblar las tierras abandonadas por aquellos.
Se ha de tener en cuenta la aportación cultural que llevaron a cabo los cátaros , los cuales realizaron varias traducciones de la Biblia en lengua vulgar del Nuevo Testamento, que era la parte admitida del texto bíblico por los cátaros , tanto en lengua occitana como en catalán (aunque en esta última en menor medida) de tal manera que sus lecturas podían interpretarse sin necesidad de exegetas, al contrario de como ordenaba la Iglesia . El rey Alfonso II encargó una de estas biblias en romance al jurista Jaume de Montjuïc, en la actualidad se conservan varias de estas biblias, a pesar del ahinco persecutorio de la Inquisición.
Tras breves resurgimientos de los cátaros , su doctrina y sus adeptos se fueron diluyendo al poco tiempo, por varias razones; la primera causadas por las intensas persecuciones por razón de la ubicuidad inquisitorial que fue intensísima y muy bien organizada, donde no cabía la ocultación de los simpatizantes de los cátaros , ya que por medio del terror y la intimidación, eran muchos los que denunciaban la herejía, hasta el extremo, en que una simple voz o comentario desafortunado hacia la ortodoxia católica, era suficiente para sonsacarle al infeliz detenido cuanta información era requerida por la Inquisición , utilizando sistemáticamente la intimidación o la tortura. Por otra parte, gran mayoría de los Buenos Hombres ya habían sido aniquilados, motivos estos por lo que se fue perdiendo la esencia de la religión cátara , que junto con el paulatino olvido de sus componentes, esta dejó de existir prácticamente a finales del siglo XIV.
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