Hugolino conde de Segni, ( Gregorio IX 1227-1241) nacido en Anagni hacia el año 1170, sobrino del papa Inocencio III . Fue inquisidor de Francia donde al igual que su tío se empleó con todas sus fuerzas en la persecución de la herejía catara .
Gregorio IX , Se reafirmó en el mantenimiento de la Inquisición con el fin de velar por la ortodoxia, encargando a los obispos locales en el cumplimiento de esta, fue proclamada la Constitución de Federico II de fecha enero del año 1231, extendida a varias ciudades importantes y condenando a muerte a los herejes. Gregorio IX amigo personal de Francisco de Asís fundador de la orden que daría su nombre. Fue llamado este periodo Inquisición pontificia , al poner directamente bajo su autoridad la acción del Santo Oficio , centralizando este en su persona, dejando a un lado la intervención directa de los obispos.
Gregorio IX nombró para la prosecución de sus planes inquisitoriales a un monje dominico llamado Roberto el Búlgaro , teniendo en cuenta su antigua afiliación a la herejía búlgara de los bogomilos precedente a la herejía catara , de ahí su sobrenombre del Búlgaro. Roberto tras repudiar su adhesión al catarismo, entró en total rechazo de su antigua herejía, demostrando sus conocimientos e inquinas por su empleó a fondo con una increíble violencia en la persecución y castigo de todo aquel contrario al catolicismo.
Las acciones inquisitoriales de Roberto eran sumamente rápidas, al tener buen conocimiento de su anterior catarismo. Tenemos el ejemplo de la ciudad de Charité-sur-Loire, en cuyo lugar en el mismo día de su llegada condenó a la hoguera a cincuenta herejes, siendo ello motivo de queja por parte de los obispos locales sorprendidos ante tal rapidez y contundencia. Otra de sus atrocidades la pudieron contar los habitantes de la ciudad de Mont Aimé en la Champagna, aprovechando una feria que allí se estaba celebrando ya que le bastó tan solo una semana para encausar y condenar a ser quemados vivos a 183 reos, siendo ejecutados en un viernes 13 de mayo del año 1239, era conocido popularmente el inquisidor Roberto como el demonio, debido a su afición empleando el fuego en sus condenas. Consecuentemente se fue granjeando una muy larga lista de enemigos en su celo inquisitorial, lo que movió al Papa tras dichas actuaciones ordenar el secretismo general concerniente a las actividades del Santo Oficio , teniendo además en cuenta el férreo control que sobre esta cuestión influenciaba el emperador de Alemania Federico II , que por ende acababan muchas de las imputaciones heréticas hacia los cataros en linchamientos populares. Al mismo tiempo Roberto fue adquiriendo tanto protagonismo que varios historiadores llegaron a opinar sobre una supuesta destitución de su cargo de Inquisidor del tal personaje e incluso condenado a prisión por causa de sus excesos.
El papa Gregorio IX nombró varios inquisidores por toda Europa, especialmente en Italia, en el caso de España, exhortó al obispo de Tarragona , con el fin de organizar con los frailes predicadores u otras personas la organización del Santo Oficio , en 1232, para todas estas localidades.
Aun así el celo del papa Gragorio IX , ha sido defendido por algunos historiadores, alegando que esta fue la manera de controlar el auge de las herejías surgidas por toda Europa.
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Alfonso Lopez Juarez dice:
No es posible defender a la Inquisición. Es una vergüenza para la Iglesia y los Papas que la iniciaron y la protegieron. Me atrevo a afirmar que es la empresa más sangrienta y antihumana de la historia. Ni los dictadores más sangrientos incurrieron en los excesos de crueldad de los inquisidores católicos.
Y ni los papas Inocencio III y Gregorio IX pueden escapar al juicio de la historia. Son los ejemplares más elocuentes de esa traición al espíritu cristiano que consiste en convertir a la institución eclesiástica en un organismo político, intolerante y contrario a todos los valores contenidos en el Evangelio. Los actos terroríficos de Roberto el Bulgaro, delegado y protegido de Gregorio IX bastan para ejemplificar en qué se había convertido la Iglesia Católica en esa época. Y los papas subsecuentes continuaron con el sueño de ser emperadores de la cristiandad, hasta que los italianos del siglo XIX los pusieron en su lugar confinándolos a ese minúsculo «Estado» del Vaticano.
Solamente a partir de Juan Pablo II los Papas hacen tímidos intentos de volver al espíritu original del cristianismo y a las enseñanzas de su fundador, Jesús de Galilea.